登上前船之魂的女孩叫“舰娘”。来自深海的异形敌人、舰娘，被称为“深海栖舰”，是唯一能与他们对抗的存在。他们献身于战斗，保卫人民和海洋。但面对深海舰压倒性的数量优势，舰娘非死即伤，战局继续倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入新舰队。这支舰队被称为“第一游击队第三部队”(1YB3H)。但这支舰队可谓“东拼西凑”:成员只有老旧军舰“山城”、“扶桑”号、唯一的航空巡洋舰“最上”，以及4艘驱逐